Neurotherapie kent veel verschillende toepassingen. De therapeutische toepassingen zijn misschien wel het meest bekend maar het wordt ook veel gebruikt in de management en sportwereld om prestaties te verbeteren en stressbestendigheid te vergroten. Een aardig voorbeeld is dat het Italiaanse voetbalelftal dat in 2006 wereldkampioen werd ook uitvoerig van neurofeedbacktrainingen gebruik had gemaakt.
Onderverdeeld naar toepassingsgebieden onderscheiden we daarom: